Sau khi khởi tố vụ án, trong quá trình điều tra, người có thẩm quyền tiến hành tố tụng có thể áp dụng các biện pháp điều tra tố tụng đặc biệt sau đây: Ghi âm, ghi hình bí mật; Nghe điện thoại bí mật; Thu thập bí mật dữ liệu điện tử.

Theo quy định tại Điều 224 thì không phải tất cả vụ án đều được áp dụng các biện pháp điều tra nêu trên, chỉ được áp dụng biện pháp điều tra đặc biệt này khi điều tra các tội sau: Tội xâm phạm an ninh quốc gia, tội phạm về ma túy, tội phạm về tham nhũng, tội khủng bố, tội rửa tiền; các tội phạm khác có tổ chức thuộc loại tội phạm đặc biệt nghiêm trọng.

Về thẩm quyền, trách nhiệm quyết định và thi hành quyết định áp dụng biện pháp điều tra tố tụng đặc biệt, gồm: Thủ trưởng cơ quan điều tra cấp tỉnh, thủ trưởng cơ quan điều tra quân sự cấp quân khu trở lên tự mình hoặc theo yêu cầu của viện trưởng viện kiểm sát nhân dân cấp tỉnh, viện trưởng viện kiểm sát quân sự cấp quân khu có quyền ra quyết định áp dụng biện pháp điều tra tố tụng đặc biệt. Trường hợp vụ án do cơ quan điều tra cấp huyện, cơ quan điều tra quân sự khu vực thụ lý, điều tra thì thủ trưởng cơ quan điều tra cấp huyện, thủ trưởng cơ quan điều tra quân sự khu vực đề nghị thủ trưởng cơ quan điều tra cấp tỉnh, thủ trưởng cơ quan điều tra quân sự cấp quân khu xem xét, quyết định áp dụng.

Tuy nhiên, quyết định áp dụng biện pháp điều tra tố tụng đặc biệt phải được viện trưởng viện kiểm sát cùng cấp phê chuẩn trước khi thi hành. Thủ trưởng cơ quan điều tra đã ra quyết định áp dụng có trách nhiệm kiểm tra chặt chẽ việc áp dụng biện pháp này, kịp thời đề nghị viện kiểm sát hủy bỏ nếu xét thấy không còn cần thiết.